Shkupët edhe sot në mëngjes thithin ajër të ndotur. Sipas të dhënave nga uebfaqja IQAir, sot në mëngjes Shkupi është qyteti i dytë më i ndotur në Evropë, dhe i gjashti në botë, me indeks të ndotjes 173.
Qyteti më i ndotur është Sarajeva, e ndjekur nga Lahore, Delhi, Kuvajti, Shkupi, Kajro, Mumbai, Katmandu dhe Riadi.
Nivelet e larta të ndotjes, sipas ekspertëve, ndikojnë seriozisht në shëndetin e qytetarëve, veçanërisht në muajt e dimrit kur rritet përdorimi i karburanteve dhe pajisjeve ngrohëse.